Как списать время по задаче?

Списание идёт через трудозатраты задачи или табель за период - в зависимости от того, как у вас принято.

По шагам

1. Откройте задачу и вкладку трудозатрат (если доступна).
2. Укажите дату, длительность и комментарий.
3. Сохраните - сумма «Списано» обновится на карточке.

Исходная оценка не меняется от списаний - это план на старте.